Nell'VIII secolo, parte del colonnato posteriore del propileo, viene inglobata nella facciata della chiesa di S. Angelo. Lo spazio del porticato frontale, tende a divenire, già in questo periodo, l'asse viario più importante della zona, anche perché agibile durante le fasi di piena del Tevere.

Avanti alla chiesa, all'interno dell'antico propileo, si insedia il mercato del pesce, da qui la denominazione dell'edificio di culto come "S. Angelo Piscium" o "in foro piscium". La struttura del propileo viene così a sommare sia la funzione di area commerciale, sia quella di accesso monumentale alla chiesa. A questo scopo viene eretto, forse nel XII secolo, un grande arco in muratura in sostituzione delle colonne originarie, sul quale vengono successivamente dipinte immagini sacre e stemmi cardinalizi, come del resto sul frontone.
Durante tutto il medioevo, l'intera zona è oggetto di una massiccia urbanizzazione, con la costruzione di torri, fortezze e abitazioni, alcune delle quali si addossano al portico ed al propileo.

La diversa destinazione urbanistica dell'area - da monumentale ad abitativa - subisce un ulteriore incremento, nel 1555, quando papa Paolo IV formalizza nella zona limitrofa al Portico d'Ottavia, la costituzione del ghetto degli ebrei.
Con le demolizioni attuate alla fine dell'800, e gli sventramenti degli anni '30, sono abbattuti gran parte degli edifici circostanti; vengono comunque risparmiati l'Oratorio dei Pescivendoli, costruito nel 1689 a ridosso della chiesa di S. Angelo, e la casa dei Vallati.